José Domingo Pérez, quien anteriormente fue exaltado por sectores de la prensa como figura clave en casos emblemáticos de corrupción, ahora se encuentra bajo el escrutinio del sistema judicial al enfrentar cinco investigaciones en su contra, lo que marca un giro significativo en su trayectoria como fiscal del Equipo Especial Lava Jato.

El Ministerio Público abrió en mayo de 2024 una investigación por presunto enriquecimiento ilícito contra Pérez, sustentada en un informe pericial que revela un desbalance patrimonial. Sin embargo, la fiscal de la Nación, Delia Espinoza, no ha aprobado hasta ahora que el caso pase a etapa preparatoria, generando críticas por una aparente falta de celeridad en el proceso.

Por otro lado, el fiscal adjunto supremo Alcides Chinchay reabrió una indagación por presunto peculado, acusándolo de haber utilizado recursos del Ministerio Público en actividades de interés personal. Además, Chinchay también investiga su presunta manipulación de imputaciones en casos contra figuras políticas como Keiko Fujimori y Alan García, en colaboración con Gustavo Gorriti y Rafael Vela.

Otro de los casos que lo involucran está relacionado con un video de un interrogatorio a Jorge Barata, exrepresentante de Odebrecht en el Perú. En dicho video, Barata afirma no recordar codinomes vinculados a las investigaciones. Aunque este material fue negado a la defensa del empresario Gonzalo Monteverde, terminó filtrándose y publicándose en el portal IDL-Reporteros. La Autoridad Nacional de Control del Ministerio Público inició una investigación disciplinaria preliminar al respecto.

José Domingo Pérez fue considerado una figura emblemática en los casos Lava Jato, pero sus detractores señalan que, en el pasado, recibió un aparente respaldo político que le permitió mantenerse en su cargo pese a las controversias. El caso Chinchero, que involucraba al expresidente Martín Vizcarra, es citado como un ejemplo de posibles acciones favorables hacia el exmandatario.