En una enérgica respuesta al pronunciamiento de un grupo de obispos, la agrupación Unión Naval, conformada por oficiales retirados de la Marina de Guerra del Perú, emitió un comunicado el 4 de septiembre de 2025. En el documento, la organización manifiesta su total desacuerdo con la posición episcopal sobre la Ley de Amnistía, calificando el comunicado de los obispos como "ominoso" y acusándolos de tergiversar la verdad. La Unión Naval sostiene que los prelados presentan a los terroristas como víctimas, en lugar de a los verdaderos afectados, que son los miembros de las Fuerzas Armadas y la Policía Nacional del Perú (PNP).

Los marinos retirados expresaron su decepción ante la supuesta injusticia por parte de la Iglesia, argumentando que la Ley de Amnistía busca la justicia y no la impunidad. Según ellos, la ley será aplicada de manera selectiva, analizando cada caso individualmente. Afirmaron que hay militares y policías que están presos o perseguidos injustamente por hechos que no cometieron o que se encuentran en prisión por excesos de fuerza, pero que estos no son considerados víctimas por los obispos.

La agrupación naval también criticó el uso de los términos "delitos de lesa humanidad" y "conflicto armado interno" por parte de los obispos, conceptos que, según la Unión Naval, no existían en la legislación peruana durante el conflicto armado con el terrorismo y que son empleados por "comunistas y caviares". Además, denunciaron el presunto apoyo de los obispos a organizaciones internacionales supuestamente infiltradas por jueces con ideología marxista que, afirman, vulneran la soberanía del país y persiguen a los miembros de las fuerzas del orden.

Las críticas de la Unión Naval se extendieron al Arzobispo de Lima, a quien acusaron de permitir actos contrarios a la doctrina católica. En su comunicado, la organización mencionó que el cardenal ha permitido obras teatrales que consideran blasfemas, que usa lenguaje inclusivo en sus homilías y que, según noticias recientes, está siendo investigado por presunto encubrimiento de abusos sexuales y mala administración de fondos de la Iglesia. Para los oficiales retirados, estos hechos son una prueba de una peligrosa infiltración del comunismo y el progresismo en la Iglesia Católica.

El comunicado de la Unión Naval concluye con un llamado a la providencia divina, pidiendo a Dios que no abandone a sus fieles peruanos. La agrupación considera que las manifestaciones de los obispos son una traición a la justicia y a la lealtad, y esperan que la ciudadanía comprenda su postura. El enfrentamiento entre la agrupación de marinos retirados y el grupo de obispos católicos evidencia una profunda división de opiniones en el país en torno a la Ley de Amnistía y la búsqueda de justicia tras el conflicto armado interno.